根据钙源种类的不同，制备海藻酸钙凝胶的方法也不同。一种是在中性pH值条件下溶解性较好的钙盐，如氯化钙、乳酸钙。传统Ca2+交联海藻酸钠形成凝胶所选用的交联剂一般是氯化钙，使用氯化钙的缺点是凝胶速率过快，与Ca2+接触到的海藻酸钠溶液马上形成了凝胶，阻隔了后续凝胶反应的发生，导致海藻酸钠转化率呈梯度变化，无法获得具有良好三维结构的均匀凝胶。
另外一种是溶解性较差的钙盐，如硫酸钙，硫酸钙在水中溶解度较低。硫酸钙难溶于水，在水中溶解速度很慢，能为海藻酸钠分子的溶解提供一定时间，但相比较而言硫酸钙的溶解速度还是快于海藻酸钠，如果将海藻酸钠和硫酸钙粉末放在一起溶解，先溶解出的Ca2+和海藻酸钠会形成凝胶阻隔后续凝胶反应。这种方法制出的凝胶不均匀，且凝胶强度不高。
温度对海藻酸钠形成凝胶的过程有间接影响，提高体系的反应温度可以加快钙盐和海藻酸钠的溶解速度，提高体系内部分子运动的剧烈程度，加快Ca2+与海藻酸钠分子的结合，从而加速凝胶过程。但当体系温度超过一定界限时，凝胶过程将不会发生。
海藻酸盐有一种冷却凝结形成凝胶的方法，这种方法是将制备凝胶的海藻酸钠、酸、钙盐和螯合剂一起在热水当中溶解，然后使溶液冷却，形成凝胶。在热水中一起溶解时，尽管海藻酸钠溶液已经接触到了Ca2+，但当海藻酸钠分子链上有较多的热能时无法与Ca2+结合，当溶液冷却到一定温度后，海藻酸钠分子才能与Ca2+反应形成凝胶。虽然在高温下海藻酸钠无法形成凝胶，但是当海藻酸盐凝胶形成后，其凝胶是热不可逆的，能在高温下保持物理形态。
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